バトルには｢シングルトレイン｣｢ダブルトレイン｣｢マルチトレイン｣があり､1つのトレインで7人とバトルし､7連勝(1周)するとBPを獲得でき景品と交換することができます｡
各トレインで21連勝(3周)すると｢サブウェイマスター｣とバトルになります｡
初回3周目クリアで各トレイン｢スーパーシングルトレイン｣｢スーパーダブルトレイン｣｢スーパーマルチトレイン｣に挑戦できるようになります｡
･出場ポケモンはLv50に調整される
･特定のレアポケモンは出場できない
･各バトル後に必ずHP･PPが全回復する
･相打ちの場合､最初にひんしになった方が負けになる
| BP | アイテム名 |
| 1 | タウリン |
| 1 | リゾチウム |
| 1 | ブロムヘキシン |
| 1 | キトサン |
| 1 | インドメタシン |
| 1 | マックスアップ |
| 16 | パワーリスト |
| 16 | パワーベルト |
| 16 | パワーレンズ |
| 16 | パワーバンド |
| 16 | パワーアンクル |
| 16 | パワーウエイト |
| 16 | どくどくだま |
| 16 | かえんだま |
| 32 | しろいハーブ |
| 32 | パワフルハーブ |
| 32 | きゅうこん |
| 32 | じゅうでんち |
| 32 | レッドカード |
| 32 | だっしゅつボタン |
| 48 | ものしりメガネ |
| 48 | こだわりメガネ |
| 48 | ピントレンズ |
| 48 | フォーカスレンズ |
| 48 | こうかくレンズ |
| 48 | ちからのハチマキ |
| 48 | きあいのハチマキ |
| 48 | こだわりハチマキ |
| 48 | こだわりスカーフ |
| 48 | きあいのタスキ |
| 48 | するどいツメ |
| 48 | するどいキバ |
| 48 | ひかりのこな |
| 48 | いのちのたま |
| 48 | くろいてっきゅう |
| 48 | ふうせん |
| 48 | しめつけバンド |
| 48 | ふしぎなアメ |
| BP | わざマシン名 |
| 36 | 23｢うちおとす｣ |
| 36 | 48｢りんしょう｣ |
| 36 | 87｢いばる｣ |
| 36 | 88｢ついばむ｣ |
| 48 | 34｢ヘドロウェーブ｣ |
| 48 | 51｢サイドチェンジ｣ |
| 48 | 59｢やきつくす｣ |
| 48 | 60｢さきおくり｣ |
| 48 | 64｢だいばくはつ｣ |
| 48 | 77｢じこあんじ｣ |